Pada 17 Januari 2023, Institut PTIQ bertransformasi menjadi Universitas PTIQ Jakarta melalui Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 60 Tahun 2023, diinisiasi oleh Prof. Dr. KH. Nasaruddin Umar, M.A., H. Pontjo Sutowo, dan Drs. H. Ahmad Zacky Siradj.

Pada periode ini dilakukan perubahan nama fakultas: Fakultas Dakwah menjadi Fakultas Dakwah dan Ilmu Komunikasi (FDIK), Fakultas Tarbiyah menjadi Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan (FTIK), Fakultas Syariah menjadi Fakultas Syariah dan Hukum (FSH), serta Fakultas Ushuluddin menjadi Fakultas Ushuluddin dan Pemikiran Islam (FUPI).

Transformasi ini memperluas spektrum keilmuan, menambahkan program studi di bidang sains, politik, budaya, dan lainnya, dengan Al-Qur’an sebagai ruh pendidikan, bertujuan melahirkan ulama faqih agama yang ahli ilmu dunia untuk manfaat Indonesia dan global.

Sebagai wujud pengembangan, pada 23 September 2025, pembangunan kampus baru di Rorotan, Kecamatan Cilincing, Jakarta Utara, diresmikan sebagai “Kampus Peradaban Qur’ani Internasional Universitas PTIQ Jakarta”, dengan rencana fakultas baru seperti Kedokteran, Kebudayaan, Pertanian, dan lainnya untuk menginspirasi umat dan berkontribusi bagi negeri.