Periode Perintisan
Universitas PTIQ Jakarta memiliki sejarah yang panjang dan berawal dari kesadaran akan semakin langkanya ulama ahli Al-Qur’an di Indonesia.
PTIQ didirikan pada 1 April 1971 oleh Yayasan Ihya Ulumuddin yang dikelola oleh KH. Mohammad Dahlan (Menteri Agama RI periode 1967-1971), Prof. KH. Ibrahim Hosen, LML (Ulama pakar Ushul Fiqh), serta KH. Ahmad Zaini Miftach (Imam Besar Masjid Istiqlal pertama, 1970-1980).
Pada 12 Mei 1973, pengelolaan diserahkan dari Yayasan Ihya Ulumuddin ke Yayasan Pendidikan Al-Qur’an yang didirikan oleh Letjen (Purn.) Dr. H. Ibnu Sutowo
Periode Institut
Pada tahun 1994, PTIQ bertransformasi menjadi institut untuk menyesuaikan kebijakan nomenklatur pendidikan tinggi, awalnya bernama Institut Studi Ilmu Al-Qur’an (ISIQ), namun nama PTIQ dipertahankan karena ikonik di kalangan alumni dan komunitas MTQ, sehingga menjadi Institut PTIQ Jakarta tanpa kepanjangan untuk hindari kerancuan.
Jika sebelumnya hanya terdapat dua fakultas yaitu Syariah dan Ushuluddin, pada periode ini mulai dibuka fakultas baru yaitu Tarbiyah dan Dakwah.
Pada tahun 1999, PTIQ mulai membuka program Magister (S2) dan dilanjut dengan pendirikan program Doktoral (S3) pada tahun 2012.
Total pada akhir 2022, Institut PTIQ Jakarta memiliki 7 Program Studi S1, 2 program Magister dan 1 program doktor.
Periode Universitas
Pada 17 Januari 2023, Institut PTIQ bertransformasi menjadi Universitas PTIQ Jakarta melalui Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 60 Tahun 2023, diinisiasi oleh Prof. Dr. KH. Nasaruddin Umar, M.A., H. Pontjo Sutowo, dan Drs. H. Ahmad Zacky Siradj.
Pada periode ini dilakukan perubahan nama fakultas: Fakultas Dakwah menjadi Fakultas Dakwah dan Ilmu Komunikasi (FDIK), Fakultas Tarbiyah menjadi Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan (FTIK), Fakultas Syariah menjadi Fakultas Syariah dan Hukum (FSH), serta Fakultas Ushuluddin menjadi Fakultas Ushuluddin dan Pemikiran Islam (FUPI).
Transformasi ini memperluas spektrum keilmuan, menambahkan program studi di bidang sains, politik, budaya, dan lainnya, dengan Al-Qur’an sebagai ruh pendidikan, bertujuan melahirkan ulama faqih agama yang ahli ilmu dunia untuk manfaat Indonesia dan global.
Sebagai wujud pengembangan, pada 23 September 2025, pembangunan kampus baru di Rorotan, Kecamatan Cilincing, Jakarta Utara, diresmikan sebagai “Kampus Peradaban Qur’ani Internasional Universitas PTIQ Jakarta”, dengan rencana fakultas baru seperti Kedokteran, Kebudayaan, Pertanian, dan lainnya untuk menginspirasi umat dan berkontribusi bagi negeri.